한국과학재단은 2007년 전국 25개 대학부설 과학영재교육원을 대상으로 평가하여 공주대학교와 인천대 등 2개 기관을 최우수(S등급) 기관으로 선정, 발표했다.
과학영재교육원(원장 이희복 교수)은 지난 2000년부터 8년간 대전 충남 지역의 과학영재를 조기 발굴, 영재육성에 힘써왔다.
공주대 과학영재교육원을 수료한 학생들은 미국 스탠퍼드대, 버클리대 등을 비롯한 국내외 유수대학에서 과학자의 길을 가고 있으며, 과학고나 한국영재학교 등에 진학하고 있다.
또한 초등부는 심화과정, 중등부는 기초과정, 심화과정, 사사과정을 두고 있으며 전공영역별로 나누어 영재교육을 실시하고 있다.
한편 공주대는 과학영재교육원 학생을 대상으로 과학자 인터뷰, 탐구 토론대회, 싸이언스 사이버 컨버런스 등의 다양한 교육 프로그램도 함께 운영한다.